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Le département Maladies Infectieuses établit périodiquement des protocoles de soins, qui forment la base de travail commune des professionnels du réseau. Ces protocoles sont périodiquement revus, et le département fera son possible pour qu'ils soient tenus à jour. Il est important néanmoins que tout utilisateur vérifie, lors de l'ouverture d'un document de protocole, que sa dernière mise à jour ne date pas de plus d'un an.